Norton GhostやDrive Imageなどのハードディスクを丸ごとコピーするツールを探したところ、
Partition Image
というものを見つけました。
「ext2,ext3,ReiserFS,FAT16,FAT32,HPFS,JFS,XFS」
に対応し、
「UFS,HFS」にベータ版で対応、「NTFS」についてはまだまだ開発中という感じで、Linuxを使っている分には十分な機能がそろっています。
そのままでは使いにくいので、
SystemRescueCD
にPartition ImageやParted(パーティションを操作するプログラム)等をまとめてぶー度できるようにしたCDイメージがあったので、それをダウンロードして使ってみました。
5GBの古いハードディスクを新しいハードディスクに入れ替えたのですが、MBRもしっかりコピーでき問題なくLinuxを起動することが出来ました。